Perang Dunia Kedua meletus saat pengajian beliau, beliau dikerah ke dalam Tentera Kanada sepertimana beribu-ribu lelaki lain menurut Akta Pengerahan Sumber Manusia (National Resources Mobilization Act); beliau memutuskan untuk menyertai "Latihan Kor Pegawai Kanada", dan beliau kemudian berkhidmat dengan askar lain di Kanada, kerana mereka tidak diberikan kepada mana-mana kegiatan tentera di luar negara sehingga selepas Krisis pengerahan 1944 (selepas Serangan Normandy bulan Jun). Sebelum ini, semua Kanada berkhidmat di luar negara adalah sukarelawan, dan tidak askar.

Perasaan Trudeau ketika dalam kerahan pada ketika ini sangat bercampur baur; beliau sendiri tidak rasa bermasalah berjuang dalam perang ini demi Kanada, namun beliau menyatakan kekhuatirannya bahawa peperangan tersebut merupakan perbalahan dendam antara kuasa-kuasa besar maka tindakannya menyertai peperangan ini boleh dilihat sebagai memaling tadah daripada warga senegerinya yang dianggapnya tidak diberi layanan seadilnya oleh pihak kerajaan William Lyon Mackenzie King - Kanada pada ketika ini lebih melihat diri sebagai suatu bahagian dalam Empayar British yang lebih besar. Hal ini lebih diberi butiran lanjut dalam buku Memoirs nukilannya tahun (1993):

Dalam Outremont, pilihan raya pada tahun 1942, Trudeau berkempen untuk calonJean Drapeau (kemudian Datuk Bandar Montreal), mulai saat itu dibuang daripada pegawai Kor Latihan untuk masalah disiplin. Selepas perang, Trudeau meneruskan pengajian, pertama mengambil ijazah sarjana dalam ekonomi politik di Sekolah Siswazah Pentadbiran Awam Universiti Harvard . Beliau kemudian belajar di Paris, Perancis pada tahun 1947 di Institut d'Etudes Politiques de Paris. Akhirnya, beliau memasuki London School of Economics,mendapatkan pengajian PhDnya namun tidak menghabiskan disertasinya.[5]

Trudeau menaruh minat terhadap fahaman Marxisme pada tahun 1940-an - disertasi Harvard beliau menyentuh mengenai topik Komunisme dan Kristian. Di Universiti Harvard ini juga, pemikirannya menjadi jauh berubah berbanding rakan sepelajarannya.[6] Walau bagaimanapun, Trudeau mula merasa terasing dalam dirinya sebagai seorang penganut mazhab Katolik yang hidup dalam kalangan penuntut universiti yang Protestan[7] Perasaan ini mula menjejaskan keperibadiannya,[8] maka Trudeau segera meneruskan pengajiannya di luar benua AMerika,'s decision to continue his Harvard studies abroad.[9]

Pada tahun 1947, Trudeau mengembara ke Paris untuk meneruskan kerja-kerja disertasi. Dalam tempoh lima minggu beliau menghadiri banyak ceramah dan menjadi pengikut personalisme selepas dipengaruhi terutama sekali oleh Emmanuel Mounier. Beliau juga merupakan dipengaruhi oleh Nikolai Berdyaev, terutamanya bukunya O rabstvye i svobodye chyelovyeka ("О рабстве и свободе человека; Perhambaan dan Kebebasan");[10] pembacaan tersebut dipercayai sebagai pengariuh besar Pierre dalam pendiriannya yang menolak nationalisme dan separatisme.[11] Disertasi Harvard kekal terbongkar apabila Trudeau memasuki satu program kedoktoran untuk belajar di bawah ekonomi sosialis yang terkenal Harold Laski di London School of Economics. Ini mengukuhkan kepercayaan Trudeau terhadap ekonomi dan sains sosial Ekonomi Keynes adalah penting untuk penciptaan "kehidupan yang baik" dalam masyarakat demokratik.